鎮守府とは、日本海軍の根拠地のことである。
所属部隊や艦艇の統括、所轄海軍区の防衛を主な役割とする機関であり、
実在したのはそれぞれ軍港を持つ「横須賀鎮守府」、「呉鎮守府」、「佐世保鎮守府」、「舞鶴鎮守府」の4つ。

艦これにおいてはユーザー(提督)が艦娘達に指示を出すために駐在している場所とされている「司令部」、
「出撃」を終えた艦娘達が帰投、または「出撃」していない艦娘達が待機している「母港」のある場所、
すなわちゲーム内でのホーム画面のことを指す。

ユーザーが艦これに登録する際にあてがわれたサーバーの種類によって所属鎮守府が決定される。

艦これ稼動初期には「横須賀鎮守府」のみ(当初は名称なし)であったが
ユーザー数の拡大に応じて増加している。

現在では4種類のサーバーでは全てのユーザーを収容できないため、
「警備府」、「泊地」、「基地」の名称を冠するサーバーが多数増設されている。

どの鎮守府サーバーに所属しているかはゲームの進行、攻略にほぼ関係しないが、
「ランキング」で争う相手や「演習」で戦う相手は全て同鎮守府サーバーに所属しているユーザーである。